بدأ حياته في ميت الكرماء بجوار مسجد "المحطة" الشهير الذي يعد أحد مزارات الصوفية الشهيرة في مصر؛ مما ترك أثره الواضح على أفكاره وتوجهاتهـ ولذا كانت حياته نقية من صغره وكان  متفوقا في الدراسة .

-كان له شقيق توأم مات وبقى مصطفى على قيد الحياة

2-ضربه مدرس اللغة العربية فغضب وانقطع عن الدراسة لمدة ثلاث سنوات إلى أن ترك المدرس المدرسة فعاد لمواصلة تعليمه.

3-اشتغل أثناء دراسته في الجامعة مجانا كعازف للناي مع فرقة فتحية سوست التي تقوم بإحياء الأفراح والطهور وفق مذكراته المنشورة.

4-تناول الخمر مع أصدقائه على سبيل التجربة لأنه كان فى ذلك الوقت فى مرحلة الشك، وتجربة الأشياء حسب اعترافه.

5-أنشأ وهو صغير في منزل والده معملا يصنع فيه الصابون والمبيدات الحشرية ليقتل بها الحشرات، ثم يقوم بتشريحها.

6-اشتُهر في كلية الطب بـ"المشرحجي" لبقائه لفترات طويلة في المشرحة أمام جثث الموتى.

7-قرر التنازل عن عضوية نقابة الأطباء في مقابل الاحتفاظ بعضوية نقابة الصحفيين عندما أصدر عبد‏‏الناصر‏، ‏قرارا‏ ‏بمنع‏ ‏الجمع‏ ‏بين‏ ‏وظيفتين‏.

8- تزوج مرتين: الأولى من السيدة سامية التي تصغره بـ15 عاما وقال عنها في مذكراته إنها نصفه الآخر الذي لازمه قرابة 10 سنوات، وكان أكثر ما يؤرق حياتهما أنها كانت غيورة وأنجب منها ابنيه أمل وأدهم، ثم تزوج بعد ذلك من السيدة زينب حمدي التي تصغره بـ25 عاما واستمرت معه 4 سنوات.

9-حسب زوجته الثانية يمتلك حنجرة ذهبية ويتمتع بصوت جميل وكان دائما يدندن على العود.

10- عرض عليه الرئيس السادات تشكيل الوزارة ولكنه رفض وقال له: لقد ‏فشلت‏ ‏في‏ ‏إدارة‏ ‏أصغر‏ ‏مؤسسة‏ ‏وهي‏ الأسرة وقمت بتطليق زوجتي فكيف أنجح في إدارة وزارة كاملة.

كانت آراؤه محل نقد لدى الكثيرين لأنه كان دائما يغوص خلف النصوص ويتصور الأشياء ويحلل ويدقق ما جعله يلاقي هجوما من كثيرين لاسيما رجال الدين، وكانت أزمته الشهيرة مع الشافعة خير دليل على ما للرجل من أفكار بجانب قصته من الشك |إلى اليقين وما بعد الموت وغير ذلك من آرائه وتصوراته.

للرحل عدة أقول تمثل نتائج فكرية ومحطات يستفيد منها السائرون على الدرب كونها أتت بعد مراحل وتغيرات فكرية وعملية فهي إذا بمثابة خلاصات وعصارات فكة لذا اشتهرت ولاقت قبولا ومنها:

"الناجح هو ذلك الذي يصرخ منذ ميلاده " جئت إلى العالم لاختلف معه " ولا يكفّ عن رفع يده في براءة الطفولة ليحطم بها كل ظلم وكل باطل".

"لن يستطيع الحرف أن يدرك الغاية من وجوده إلا إذا أدرك الدور الذي يقوم به في السطر الذي يشترك في حروفه، وإلا إذا أدرك المعنى الذي يدل عليه السطر في داخل المقال، والمقال في داخل الكتاب".

"أهل الحقائق في خوف دائما من أن تظهر فيهم حقيقة مكتومة لا يعلمون عنها شيئا تؤدي بهم إلى المهالك، فهم أمام نفوسهم في رجفة، وأمام الله في رجفة، وذلك هو العلم الحقّ بالنفس وبالله".

"حفظ المسافة في العلاقات الإنسانية مثل حفظ المسافة بين العربات أثناء السير فهي الوقاية الضرورية من المصادمات المُهلكة".

"لو كانت الأشياء المادية أهم من المعنوية؛ لما دفن الجسد في الأرض، وصعدت الروح إلى السماء".

يروى مصطفى محمود أنه عندما عرض على التلفاز مشروع برنامج العلم والإيمان، وافق التلفاز راصدًا 30 جنيه للحلقة !، وبذلك فشل المشروع منذ بدايته إلا أن أحد رجال الأعمال علم بالموضوع فأنتج البرنامج على نفقته الخاصة ليصبح من أشهر البرامج التلفازية وأوسعها انتشاراً على الإطلاق، ولا زال الجميع يذكرونه سهرة الإثنين الساعة التاسعة ومقدمة الناى الحزينة في البرنامج وافتتاحية مصطفى محمود (أهلا بيكم)! إلا أنه ككل الأشياء الجميلة كان لا بد من نهاية، للأسف هناك شخص ما أصدر قرارا برفع البرنامج من خريطة البرامج التلفازية!! وقال ابنه ادهم مصطفى محمود بعد ذلك أن القرار بوقف البرنامج صدر من الرئاسة المصرية إلى وزير الإعلام آنذاك صفوت الشريف.

وظل الرجل يجاهد ويحارب بقلمه وفكره في ميدان العلم والأبحاث حتى لقي ربه في مثل هذا اليوم من عام  2009م رحمه الله رحمة واسعة وأعلى في العالمين ذكره.